自動DNA合成儀儀器的故障排除

        化學(xué)合成方法與生化方法存在顯著差異，材料和方法的微小變化往往會導(dǎo)致所得產(chǎn)品與可靠的合成路線之間存在差異。以下是一些可能導(dǎo)致失敗的體驗問題。
         1. 溶劑
        大多數(shù)用于化學(xué)合成的商業(yè)試劑不夠純。因此，使用前應(yīng)進(jìn)行純化（常用方法：蒸餾）。對于“專為合成 DNA 純度而設(shè)計"的溶劑，檢查它們的顏色（幾乎所有液體都是無色的）和透明度（顆粒會堵塞多孔玻璃，分子篩粉塵會導(dǎo)致合成失敗）。大多數(shù)相關(guān)雜質(zhì)是水、酸、堿和金屬離子。
        水：將吸水的化學(xué)試劑蒸餾一次，大部分溶劑的含水量會降到10btg/g以下。由于偶聯(lián)步驟中允許有少量水，因此可以使用具有這種水分含量的溶劑進(jìn)行合成。很多溶劑都是吸濕的，所以所有的溶劑容器都應(yīng)該密閉，只能短時間打開。通常不需要將它們儲存在氬氣中。
        酸和堿：氯化烴中常含有微量的鹽酸，在合成過程中會造成二甲氧基三苯甲基的損失。檢測方法如下： 將1mg 5,-O-二甲氧基三苯甲基脫氧核糖核苷酸衍生物溶于5ml溶劑中，在495nm處測定吸光度。應(yīng)該沒有吸收。極性溶劑中的一級和二級氨可以切斷寡核苷酸與載體之間的鍵，這可以通過茚三酮試驗來檢測。
        金屬離子：雖然在溶劑中沒有這樣的問題，但用作干燥劑的分子篩含有大量的鐵。一些溶劑會從分子篩中過濾掉與 DNA 結(jié)合的三價鐵離子，從而導(dǎo)致堿基修飾和核苷酸間切除。其他金屬離子也可能有害。
         2. 試劑
        在 DNA 合成過程中，脫氧核糖核苷單體中的少量高活性雜質(zhì)會產(chǎn)生非常大的影響。大量過量單體的應(yīng)用擴(kuò)大了雜質(zhì)的影響。檢測難度較大，但應(yīng)引起高度重視。催化劑、偶聯(lián)劑和脫保護(hù)劑中的雜質(zhì)通常影響較小。
         3. 設(shè)備
        DNA 合成可以使用多種不同類型的儀器進(jìn)行。總的原則是它可以應(yīng)用于磷酰二酯法和亞磷酰胺三酯法。儀器一般分為4種類型：手動、半手動、半自動和自動（DNA合成儀）。 DNA合成儀減少了合成所需的手工勞動，但儀器無法替代人機(jī)故障。誤差因儀器本身的檢測能力而異。甚至儀器也沒有“反饋控制"，可以準(zhǔn)確地分析合成的成功或根據(jù)提供的信息進(jìn)行調(diào)整。因此，該儀器并不是真正的“自動"（注意：測量釋放的 DMT 組只是一種機(jī)械檢查，不是可用產(chǎn)品量的可靠指南，而是鏈擴(kuò)增效率的指南）。總之，無論選擇哪種儀器，與溶劑接觸的部分都應(yīng)使用玻璃或聚四氟乙烯。